A differenza del passato, sono tre i fondi che finanziano gli interventi:

• Fondo Europeo di Sviluppo Regionale (FESR)
• Fondo Sociale Europeo (FSE)
• Fondo di Coesione (FC) non interessa l'Italia.

Non sono considerati strumenti della politica di coesione, pur operando in modo coordinato con essi, il Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale (FEASR), subentrato al FEAOG, e il Fondo europeo per la Pesca (FEP), subentrato allo SFOP.

Tre sono anche gli obiettivi dei nuovi fondi:

• Convergenza (ex Obiettivo 1), a cui la Lombardia non partecipa finanziato da FESR, FSE e FC
• Competitività regionale e occupazione (ex Obiettivi 2 e 3) finanziato da FESR e FSE
• Cooperazione territoriale europea (ex iniziativa comunitaria Interreg)

Cambiano anche le fasi di programmazione dell'utilizzo dei fondi:

La Commissione Europea adotta degli orientamenti strategici per la coesione, una sorta di linee guida contenenti principi e priorità che le autorità nazionali e regionali devono seguire nella redazione dei documenti di programmazione dei fondi.

Ogni Stato membro adotta il Quadro Strategico di riferimento nazionale (QSN) sulla base del QSN, gli Stati membri e le Regioni propongono dei Programmi operativi nazionali (PON) e regionali (POR), uno per ogni fondo, contenenti la definizione delle priorità, le disposizioni di attuazione ed il piano finanziario.

I programmi operativi, che sostituiscono i precedenti Complementi di Programmazione e sono adottati con Decisione della Commissione.